美洲分为北美和南美两个军区，其中北美军区由刘芳亮担任军区司令，驻防他的第二军，以及由印第安师组成的第十和第十一守备军，负责防区包括冰雪省、哈德逊省、五湖省、沿海省、内陆省、平原省、大盆地省和墨西哥省。

能文能武的李信在卸任美洲总督之后转入军队序列，成为了南美军区的司令，他掌控着中美省、亚马逊省、南美省和西海省，另外这个军区还管辖着太平洋上的诸多岛屿。因为这个军区的防守压力并不算大，所以没有野战军的序列，李信手下只有以印第安师组建的第十二、第十三守备军，以及由诸多阿兹特克游击队和玛雅游击队整合在一起的第十四守备军。

除了这些军区之外，还有两个编外的战区，这两个战区是隐蔽的，因其驻扎的地区并不属于朱聿键的管辖之下。其中有包括河南南阳府、伏牛山区和商洛山区，最近又在向四川发展的河南战区，战区司令由田见秀担任，配备第六军和第十五守备军。

袁宗第被秘密抽调到青海地区，负责在青海和乌斯藏昌都地区的渗透工作，这里被划分为西南战区，袁宗第除了统带他的第五军之外，还配属了一个第十六守备军，这个守备军拥有一个骑兵师，全军大部分都是昌都和青海地区的本地人，其中有藏人也有蒙古人，华夏人数量不足三成。

作为唐军的两大军种之一，海军也有相应的变化，首先是在总参谋部加设一名海军副总参谋长，由原夷州分舰队司令胡锐波担任，在孙传庭调任监察司，袁崇焕改任军区司令之后，陆军副总参谋长出人意料的由原第二军参谋长戚成友接任。海军建立海军司，同样由总参谋部管辖，司长由张名振担任。

海军舰队重新编组，取消了各个分舰队，统一建立几个大洋舰队和近海舰队。太平洋舰队司令李俊，副司令郑彩，下辖一艘宁波级铁甲舰福州号，二十艘改装尼德兰战船，十五艘六号战船，二十艘宝船，舰队司令部驻扎釜山港。

印度洋舰队司令甘辉，副司令李成喜，下辖三艘宁波级铁甲舰宁波号、泉州号、台州号，十艘四号战船，十艘五号战船，十五艘六号战船，十五艘宝船。舰队司令部驻扎巴达维亚，同时有一部分舰队长期驻扎南非望南港，以封锁欧洲船只进入印度洋的通路。

大西洋舰队司令陈永疆，副司令郑芝豹，下辖一艘宁波级铁甲舰厦门号、十艘一千两百吨级北美纵帆船，二十艘六百吨级北美纵帆船，舰队司令部驻扎科隆港。

近海舰队分为四支，分别配备一部分六号战船、二号福船和海沧船，其中胡锐涛率领的西美洲舰队驻扎南进堡，负责监控火地岛的通道，防止欧洲船只进入太平洋。